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SUMMARY:3D spine reconstruction from bi-planar radiographies for diagnosis
  and monitoring of spine pathologies
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UID:indico-contribution-1556-12388@indico.ific.uv.es
DESCRIPTION:Speakers: Salvador Tortajada (IFIC)\nCurrently\, the most used
  techniques on medical imaging are those based on ionizing radiation\, suc
 h as radiographs or CT scans. These tools have proven their medical use fo
 r aiding in the diagnosis\, prognosis\, treatment and monitoring of patien
 ts. In particular\, the spine is one of the most studied parts of the anat
 omy due to a set of pathologies of great severity that cause physical limi
 tations and a reduction in the quality of life of patients.\n\nHowever\, t
 here is growing scientific evidence that supports the fact that the excess
 ive use of these technologies is beginning to increase the risks associate
 d with the health of the patients as well as the costs associated with the
 ir use. This is especially important when acquiring three-dimensional medi
 cal images through the use of CT scans\, since they radiate a significantl
 y higher dose than other ionizing techniques.\n\nDuring the last two years
 \, we have been involved in the development of a three-dimensional reconst
 ruction technology of the spine from bi-planar radiographs. The acquisitio
 n routine in patients with spinal pathologies include an anteroposterior a
 nd lateral images that enable the possibility to use computer vision techn
 iques to provide a useful 3D image of the spine\, avoiding the use of CT s
 cans while still providing support for the diagnosis\, prognosis and monit
 oring of spine pathologies.\n\nhttps://indico.ific.uv.es/event/4029/contri
 butions/12388/
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URL:https://indico.ific.uv.es/event/4029/contributions/12388/
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SUMMARY:Recursos de Computación Científica en el IFIC
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DESCRIPTION:Speakers: Fco. Javier Sanchez Martinez ()\nhttps://indico.ific
 .uv.es/event/4029/contributions/12377/
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URL:https://indico.ific.uv.es/event/4029/contributions/12377/
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SUMMARY:Desarrollos y herramientas para el almacenamiento y procesado de g
 randes cantidades de datos aplicado en ATLAS Tier2 y EventIndex EI3
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DESCRIPTION:Speakers: Alvaro Fernandez Casani (IFIC)\nEn esta presentació
 n hablaré de los desarrollos realizados y herramientas utilizadas para el
  almacenamiento y procesado de grandes cantidades de datos\, y aplicado en
  particular en el EventIndex EI3 dentro del experimento ATLAS.\n\nUsamos u
 n Object Store basado en CEPH para el almacenamiento temporal de informaci
 ón sobre los eventos producidos a nivel mundial en el GRID y el Tier0\, q
 ue se consolidan finalmente en HADOOP.\nLos nuevos desarrollos para el pr
 óximo run3 se centran en mejorar la usabilidad\, y satisfacer los rendimi
 entos necesarios. En el nuevo prototipo usamos HBase y una estrategia colu
 mnar para el almacenamiento de los datos\, así como una capa unificada pa
 ra el acceso basada en Apache Phoenix.\nSe utilizan herramientas como Infl
 uxDB y Grafana para la monitorizacion de datos basados en series temporale
 s\, así como GitLab para el versionado y control de  código.\nEl procesa
 miento de los datos consolidados se realiza con entornos como MapReduce y 
 Spark\, que proveen grandes capacidades de análisis en paralelo.\n\nhttps
 ://indico.ific.uv.es/event/4029/contributions/12369/
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SUMMARY:Infraestructura computacional en NEXT.
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DESCRIPTION:Speakers: Carrión Jose Vicente (IFIC)\nEl detector NEXT-White
  (5 kg xenón a 10 bar) concluirá su funcionamiento a finales de este añ
 o dando paso a la tercera fase del proyecto NEXT que lleva consigo la inst
 alación del detector NEXT-100 (100 kg xenón a 15 bar) y puesta en marcha
  a finales de 2020. Durante la segunda fase de funcionamiento\, que comenz
 ó en 2016\, NEXT-White ha proporcionado resultados satisfactorios no sól
 o al nivel estrictamente físico sino que también relativos a la infraest
 ructura informática asociada al mismo. Durante toda esta fase de operaci
 ón NEXT-White ha estado operando durante más de 21.591 horas\, producien
 do más de 1.300 millones de eventos que proporcionaron un total de más 3
 \,8 PB de datos brutos analizables.\n\nEn esta presentación se realizará
  un breve resumen acerca de la infraestructura de adquisición\, cómputo\
 , almacenamiento y red que el proyecto NEXT tiene instalada en el Laborato
 rio Subterráneo de Canfranc. La próxima instalación del detector NEXT-1
 00 incrementará en un factor considerable el volumen de datos que se gene
 rarán y esto implica realizar cambios en todos los niveles tecnológicos 
 del experimento con el fin de proporcionar una arquitectura de adquisició
 n\, cómputo\, almacenamiento y red acorde a la nueva carga de cálculo.\n
 \nDurante mi exposición describiré las adaptaciones que se prevén reali
 zar en la infraestructura informática de NEXT. Se detallará las fases de
  adquisición\, análisis de datos\, post-procesado y posterior distribuci
 ón de los datos segregados hacia los recursos del IFIC. Se hará un resum
 en de los recursos de cálculo y almacenamiento con los que cuenta NEXT de
 ntro y fuera del IFIC. El tipo de software de gestión\, monitorización y
  análisis utilizado para el experimento y otras cuestiones incidentales.\
 n\nAl margen del propio análisis que surge de los datos producidos por el
  detector\, el grupo también desarrolla software para la simulación de e
 ventos por modelización en Montecarlo. El uso de paradigmas de tipo  deep
  learning son usados para la categorización y clasificación de los event
 os. Se describirá el uso de infraestructuras adicionales proporcionadas p
 or el IFIC (Artemisa / GRID-CSIC) además de señalar las carencias actual
 es del experimento y las necesidades futuras.\n\nhttps://indico.ific.uv.es
 /event/4029/contributions/12359/
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SUMMARY:Servicios Informáticos - Atención a usuarios.
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DESCRIPTION:Speakers: Ximo Navajas Alba (Oficial Laboratorio\, UV )\nDescr
 ipción de los servicios relacionados con la atención a los usuarios de e
 quipos de microinformática.\n\nhttps://indico.ific.uv.es/event/4029/contr
 ibutions/12364/
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SUMMARY:Uso de supercomputacion (HPCs) en ATLAS
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DESCRIPTION:Speakers: Santiago Gonzalez de la Hoz (IFIC-Valencia (UV-CSIC)
 )\nLas altas demandas de computación del LHC de alta luminosidad requiere
 n aprovechar al máximo todos los recursos disponibles. Esta contribución
  explora el uso de superordenadores (HPCs) de la red de supercomputación 
 de España (RES) para simular eventos en ATLAS.  Tanto el HPC del CENITS (
 Lusitania II) como el Mare Nostrum 4 en el BSC han sido utilizados con éx
 ito por el grupo de ATLAS-computing del IFIC para simular mas de 100 millo
 nes de eventos con la geometría completa del detector.  El código de sim
 ulación corre dentro de un gestor de contenedores (singularity) que crea 
 dentro del HPC un entorno virtual de computación similar al de los ordena
 dores del grid.  Además\, un servidor en el IFIC corriendo el paquete arc
 -ce sirve de interfaz entre el HPC y ATLAS. Una herramienta de monitoring 
 ha sido diseñada exprofeso para poder hacer un seguimiento detallado de l
 os trabajos.  Es la primera vez que Lusitania y Mare Nostrum se usan para 
 hacer simulación de uno de los experimentos del LHC.\n\nhttps://indico.if
 ic.uv.es/event/4029/contributions/12365/
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URL:https://indico.ific.uv.es/event/4029/contributions/12365/
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SUMMARY:Desarrollos e implantaciones para el IFIC y ATLAS EventIndex
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DESCRIPTION:Speakers: Carlos García Montoro (IFIC)\nEn los 12 años que h
 e trabajado en el IFIC he desarrollado\, implantado y/o mantenido distinto
  software tanto para el instituto\, desde el servicio de informática\, co
 mo para proyectos. Actualmente estoy contratado por el proyecto ATLAS Tier
 -2\, contribuyendo principalmente en ATLAS EventIndex\, un catálogo de ev
 entos\, reales y simulados\, de ATLAS.\n\nEn esta presentación hablaré d
 e las aportaciones más reseñables que he realizado durante este tiempo\,
  con especial énfasis en las más recientes\, como __EventIndex Superviso
 r__ (__EIS__)\, el supervisor de la recolección de datos de EventIndex\, 
 o __EventIndex Trigger Counter__ (__EITC__)\, una herramienta que permite 
 hacer análisis de trigger en los datasets indexados.\n\nhttps://indico.if
 ic.uv.es/event/4029/contributions/12363/
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SUMMARY:Monitorización de las transferencias del TIER2 con ELK
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DESCRIPTION:Speakers: Javier Aparisi Pozo (IFIC)\nCon más de 17 PB en un 
 total de 70 millones de transferencias en los dos últimos años\, el TIER
 -2 del IFIC es elevado a la categoría de núcleo dentro del experimento A
 TLAS por su alta disponibilidad y fiabilidad. Ello se traduce en una mayor
  confianza y\, proporcionalmente\, responsabilidad en relación al procesa
 miento de los datos confiados. Se presenta pues un servicio de monitorizac
 ión de las transferencias realizadas al centro desde todo el mundo basado
  en la pila de herramientas conocida como ELK\, con el propósito de conoc
 er en detalle la naturaleza de dicha información y\, consecuentemente\, v
 erificar el correcto funcionamiento del centro y así garantizar el nivel 
 de rendimiento deseado.\n\nhttps://indico.ific.uv.es/event/4029/contributi
 ons/12362/
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